Di tích Nền Chùa nằm tại nơi giao nhau giữa Lung Lớn (Lung Giếng Đá) chạy theo hướng Đông Bắc – Tây Nam và rạch Ông Chạy (kinh Thầy Thông) chạy theo hướng Tây Bắc – Đông Nam, cũng là vị trí giáp ranh của ba địa phương: huyện Tân Hiệp, huyện Hòn Đất và thành phố Rạch Giá. Khu vực này cách di chỉ Óc Eo 12 km về phía tây nam, cách trung tâm thành phố Rạch Giá 12 km về phía bắc.[4][5]